ヒーローを強化していくことがゲーム攻略の鍵であり、その方法がスキルツリーです。スキルツリー経由で、ヒーローの能力を様々に強化していくことができます。このアップグレードは永続します。

スキルツリーは主に2つに枝分かれします。ひとつはコインで強化していけるルートで、もうひとつは数は少なめながら強いアップグレードが可能です。こちらのルートは解放していくのにエイリアンの胞子が必要です。胞子はトライアルを攻略することで獲得できます。